En tant que pâte pressée cuite, le Comté est un fromage riche en calcium (880 mg/100g de fromage en moyenne). 40 grammes de Comté apportent donc 350 mg de calcium, soit un tiers de l’apport journalier nécessaire. De plus, le rapport élevé Calcium/Phosphore (1,4) permet de rééquilibrer la ration minérale nécessaire pendant la croissance. C’est la raison pour laquelle le Comté est fréquemment conseillé par le corps médical aux enfants, aux femmes enceintes et aux personnes âgées pour lesquelles ce rapport élevé Calcium/phosphore permet de prévenir l’ostéoporose.

Vis-à-vis du sel, le Comté est en situation paradoxale. En effet, pendant ses longs mois d’affinage, le Comté doit être frotté avec du sel. Ces soins sont indispensables à la qualité du fromage. Ils assurent notamment la formation d’une croûte emmorgée maintenant la perméabilité de la croûte. Mais paradoxalement, ces soins, tout indispensables qu’ils soient, n’assurent qu’une faible prise de sel. Alors que la plupart des fromages contiennent entre 1,5 et 2 g de sel pour 100 g, le Comté, avec ses 0,8 g de sel au 100 g (soit 0,8%), le compte donc parmi les fromages les moins salés.

À noter que les dénominations « salés » ou « demi-sel » utilisées par les commerçants ne reposent sur aucune mesure analytique.