100 g de Comté contiennent en moyenne 28 g de protéines. Plus que par sa richesse quantitative, le Comté est un aliment
protéique intéressant grâce à la très grande panoplie d’acides aminés qu’il contient. Comme cela a été établi par les scientifiques, la quantité d’acides aminés augmente au cours de l’affinage. Et le Comté est un fromage à affinage long... Cette même concentration en acides aminés est en relation directe avec l’intensité du goût des fromages.

Le Comté contient tous les acides aminés dits « essentiels », ceux qui ne sont pas fabriqués par l’être humain en quantité
suffisante et qui sont pourtant indispensables à la construction des cellules, au fonctionnement des mécanismes immunitaires et à la bonne cicatrisation des tissus.

Le consommateur a parfois l’occasion d’apprécier cette richesse en acides aminés : ce qu’il pense être des cristaux blancs de sel dans certains Comtés âgés correspond en réalité à une cristallisation d’un acide aminé, la Tyrosine.

Par ailleurs, les dégustateurs entraînés trouvent parfois au Comté des saveurs fruitées : ce fait est sans doute à mettre en relation avec certains acides aminés générateurs de sensations sucrées : Proline, Alanine, Glycine, Sérine et Thréonine.
Le Comté est également un aliment riche en vitamines, et notamment les vitamines A, B2, B12 et D.