> Intolérance au lactose :
Le Comté n'est pas déconseillé aux personnes intolérantes au lactose, car il n'en contient que sous forme de traces. Le lactose est en effet transformé en acide lactique par les ferments dès les premières heures de la vie du fromage.

> Allergie au lysozyme (additif E1105)
Cet additif provient du blanc d'oeuf. Les personnes allergiques à l'oeuf peuvent être aussi allergiques au lysozyme, mais ce n'est pas systématique. Il leur est en tout cas conseillé d'éviter les fromages car le lysozyme est utilisé dans leur fabrication pour ses propriétés bactéricides... sauf dans le Comté et les autres fromages AOC, dans lesquels le lysozyme n'est pas autorisé.