Le Comté est un des rares fromages qui a sa place à toutes les étapes d'un repas, de l'apéritif au plateau de fromages. Il convient particulièrement bien à de nombreuses préparations culinaires. Sa capacité à fondre et à dorer permet de l'utiliser de façon simple et savoureuse dans tous les plats gratinés.

Employé pour lier une sauce, il l'aromatise et apporte de l'onctuosité. Il s'accommode tout particulièrement avec les viandes blanches et les poissons.

Son utilisation dans les plats cuisinés dépend de son âge : jeune, il apporte surtout un caractère onctueux ; plus affiné, il imprime son goût typique. Il est souvent judicieux d'associer plusieurs Comtés pour combiner ces deux qualités.